Utilisation d'un séquençage médical exome pour identifier les causes des troubles du développement neurologique: expérience de deux unités cliniques et 216 patients

Aperçu: G.M.

Bien que le séquençage complet de l'exome soit l'étalon-or pour le diagnostic des troubles du développement neurologique, il reste coûteux pour certains centres génétiques.

Cette étude, rapporte l'expérience de deux centres génétiques cliniques utilisant l'exome médical (Note de traduction : dans un contexte médicale de routine  99% de tous les gènes médicalement pertinents d’un patient sont étudiés en une seule analyse) pour le diagnostic des troubles du développement neurologique auprès de 216 patients. 

Les chercheurs ont séquencé des échantillons de probands et de leurs parents (si disponibles) avec le kit de séquençage Illumina TruSight One. L'équipe a trouvé des variants pathogènes ou susceptibles d'être pathogènes chez 56 patients témoins, pour un rendement diagnostique global de 25,9%.  

Les résultats suggèrent que l'utilisation de l'exome médical est une stratégie précieuse pour les patients ayant une déficience intellectuelle lorsqu'un séquençage complet ne peut pas être utilisé comme outil de diagnostic de routine.

Clin Genet. 2017 Jul 14. doi: 10.1111/cge.13102.

Using medical exome sequencing to identify the causes of neurodevelopmental disorders: experience of two clinical units and 216 patients

Chérot E^1,2, Keren B^3,4,5, Dubourg C^2,6, Carré W², Fradin M¹, Lavillaureix A³, Afenjar A^7,8, Burglen L⁸, Whalen S⁸, Charles P^3,7,4, Marey I^3,7,4, Heide S^3,7,4, Jacquette A^3,7,4, Heron D^3,7,4, Doummar D^9,10,5, Rodriguez D^11,9,10,5, Billette de Villemeur T^9,5, Moutard ML^9,5, Guët A¹², Xavier J^13,14, Périsse D¹³, Cohen D^13,14, Demurger F¹, Quélin C¹, Depienne C^3,15, Odent S^1,6, Nava C^3,15, David V^2,6, Pasquier L^1,16, Mignot C^3,7,4.

Author information

1

Service de Génétique Médicale, CHU Hôpital Sud, CLAD Ouest, 35203, Rennes, France.

2

Laboratoire de Génétique moléculaire et Génomique, CHU Pontchaillou, Rennes, France.

3

AP-HP, Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Département de Génétique, 75013, Paris, France.

4

Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'déficience intellectuelle et autisme' UPMC, 75013, Paris, France.

5

Groupe de Recherche Clinique (GRC) 'ConCer-LD' UPMC, Paris, France.

6

CNRS UMR 6290 (IGDR), Université de Rennes 1, France.

7

Centre de Référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares, Paris, France.

8

APHP, GHUEP, Hôpital Armand Trousseau, Centre de Référence 'Malformations et maladies congénitales du cervelet', Paris, France.

9

AP-HP, Service de Neuropédiatrie, Hôpital Armand Trousseau, Paris, France.

10

AP-HP, Hôpital Armand Trousseau, Centre de Référence Neurogénétique de l'Enfant à l'adulte, Paris, France.

11

Département de Génétique, APHP, GHUEP, Hôpital Armand-Trousseau, Paris, France.

12

AP-HP, Service de Pédiatrie, Hôpital Louis Mourier, Colombes, France.

13

AP-HP, Department of Child and Adolescent Psychiatry, Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière et University Pierre and Marie Curie, Paris, France.

14

Sorbonne Universités, UPMC, CNRS UMR 7222, Institut des Systèmes Intelligents et Robotiques, France.

15

INSERM U 1127, CNRS UMR 7225, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06 UMR S 1127, Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, ICM, F-75013, Paris, France.

16

INSERM CIC pédiatrique 1414, CHU Pontchaillou, 35000, Rennes, France.

Abstract

Though whole exome sequencing is the gold standard for the diagnosis of neurodevelopmental disorders, it remains expensive for some genetic centers. Commercialized panels comprising all OMIM-referenced genes called "medical exome" constitute an alternative strategy to whole exome sequencing, but its efficiency is poorly known. In this study, we report the experience of two clinical genetic centers using medical exome for diagnosis of neurodevelopmental disorders. We recruited 216 consecutive index patients with neurodevelopmental disorders in two French genetic centers, corresponded to the daily practice of the units and included non-syndromic intellectual disability (n=33), syndromic intellectual disability (n=122), pediatric neurodegenerative disorders (n=7) and autism spectrum disorder (n=54). We sequenced samples from probands and their parents (when available) with the Illumina TruSight One sequencing kit. We found pathogenic or likely pathogenic variants in 56 index patients, for a global diagnostic yield of 25.9%. The diagnosis yield was higher in patients with intellectual disability as the main diagnosis (32%) than in patients with autism spectrum disorder (3.7%). Our results suggest that the use of medical exome is a valuable strategy for patients with intellectual disability when whole exome sequencing cannot be used as a routine diagnosis tool.

This article is protected by copyright. All rights reserved.

PMID:28708303

DOI:10.1111/cge.13102